Принятие сана диакона и последние годы жизни

Как отмечает священник и учёный М. Асмус: «Для церковного искусства никогда не было достаточно одного таланта: только носители традиции способны создать истинно церковное произведение, будь то в архитектуре, в церковной живописи, в церковно-певческом исполнительстве или композиции. Именно таким человеком оказался Сергей Зосимович Трубачев» [3, с. 12–13]. 
С 1990 г. Трубачев помогает в пении и богослужениях в Черниговском скиту. Но взять на себя обязанности постоянного регента он уже не может по состоянию здоровья

. Его смущает то, что он вынужден на службах надевать богослужебный стихарь, не будучи священником. Так как храмы Лавры находятся в подчинении Московского Патриарха, Трубачев обращается с прошением к самому Патриарху о рукоположении в диаконский сан.
Трубачев был рукоположен в сан диакона 20 августа 1995 г. в Покровском храме Московской Духовной академии. По указу Патриарха Алексия II о