Работник организации при возвращении из командировки представил авансовый отчет

Согласно п.7 ст. 171 НК РФ, вычетам подлежат суммы налога уплаченные по расходам на командировки (в т.ч. расходы на наем жилья), принимаемые к расходам по налогу на прибыль.
В п.4 ст.168 НК РФ указано, что в первичных учетных документах и счетах-фактурах сумма НДС должна быть указана отдельной строкой . При этом обязанность ор99ганизаций и ИП оказывающих услуги населению по выставлению счетов-фактур считается исполненной при выдаче кассового чека (чек ККМ) или иного документа установленной формы (п.7 ст.168 НК РФ).
Следовательно если в счете гостиницы и чеке ккм сумма налога отражена отдельной строкой, сумму налога можно принять к вычету.