Общество занимается на основании лицензии добычей золота

Согласно пп.9 п.2 ст.337 НК РФ, одним из видов добытых полезных ископаемых являются редкие металлы, являющиеся попутными компонентами в рудах других редких металлов, образующих собственные месторождения, рудах других полезных ископаемых, многокомпонентных комплексных рудах.
Объектом налогообложения НДПИ признаются полезные ископаемые, добытые из недр на территории РФ на участке недр, предоставленном налогоплательщику в пользование (п.1 ст.336 НКРФ).
Следовательно добытое попутно серебро облагается НДПИ.