Внутрицерковные вопросы в Стоглаве

Основу Стоглава составили многочисленные внутрицерковные вопросы, касающиеся быта и жизни духовенства, отправления церковной службы и т.д.. Вышеописанные внутрицерковные нормы были отражены в главах с 6 по 40. Д. Ф. Стефанович отмечает, что материал был организован достаточно хаотично, так как главы были выделены искусственно. Один и тот же предмет мог рассматриваться сразу же в нескольких главах, разбросанных по всему Стоглаву. Например, поповских старост касались главы 6, 34, 35 и 69. Скорее всего, ответы Стоглава готовились разными лицами, что объясняет наличие повторений.
Церковная служба по Стоглаву теперь была строго унифицирована. Во-первых, согласно Стоглаву креститься было обязательно двумя сложенными пальцами, так называемое двоеперстие. До этого в Московском государстве были распространены двуперстие и троеперстие. Во-вторых, «аллилуйя» обязательно должна была повторяться дважды. На третий раз произносили «Слава тебе, Боже». До этого в некоторых местностях была распространена трегубая аллилуйя (например, в Пскове). В-третьих, крестный ход обязательно производился по солнцу. Несоответствие принятым в Стоглаве нормам характеризовалось как ересь.
Стоглав содержал в себе описание проведения важнейших церковных церемоний – крещения детей и венчание, которые приводились в соответствие с церковными канонами. Например, в Стоглаве строго было сказано, что таинство крещения должно проходить погружением младенца в воду, а не обливанием (на Руси были распространены обе практики): «А детей бы крестили в церквах по уставу и по преданию святых апостол и святых отец. А не обливали водою, но погружали в три погружения».
Другие нормы Стоглава касались конкретно жизни и быта духовенства. Большая часть норм была связана с белым духовенством – сельскими и городскими священниками – которые подвергались наибольшей критики со стороны государства

. Меньшая часть норм относилась к монастырской жизни. Черное духовенство в документе подверглось менее жесткой критике, чем белое. Иван Грозный предъявлял белому и черному духовенству разные обвинения. Например, главным грехом монашества в Стоглаве было названо пьянство.
В отношении монашества Стоглав установил ряд запретов. В монастырях строго запрещалось держать и употреблять спиртные напитки («пьянственное питие, сиречь хмельное и вино горячее»), которые заменялись квасом. В употреблении спиртного было сделано несколько исключений. Во-первых, монахом разрешалось пить заморские «фрязские» вина, которых в России практически не было. Во-вторых, употребление спиртного разрешалось в Троице-Сергиеве монастыре, который был центром паломничества в России.
Свод законов определял и другие особенности монастырской жизни. Стоглав определил особенности жизни монастырей, в которых одновременно проживали монахи и монахини. Подобные монастыри должны были подчиняться правилам общежительного устава, а монахи и монахини должны были проживать отдельно.
Стоглав не просто упорядочивал существующие церковные нормы, но также вносил в устройство Русской Православной Церкви некоторые новшества. По Стоглаву был учрежден институт протопопов, которому была посвящена 29 глава. Протопопы должны были следить за тем, чтобы священники не творили «бесчинств». Помимо этого, Стоглав вводил должности поповских старост и десятских священников, на которых налагались контролирующие функции. Контроль за духовенством преследовал цель улучшения нравов и поведения духовенства, что в свою очередь должно было повысить авторитет церкви в глазах мирян.
Новые должности были выборными. Протопопы, поповские старосты и десятские священники должны были избираться из белого духовенства самими священниками