Гонения на христиан. Закрытие Японии

У христианских миссионеров были шансы изменить отношение к себе после смерти Тоётоми Хидэёси. Однако их деятельность не претерпела изменений, они по-прежнему обосабливались от прочего населения Японии, проявляя к нехристианам враждебность и пренебрежение.
Вскоре в Японии, после борьбы между сторонниками клана Тоётоми и Токугава, окончательно утвердился мир. К власти пришёл Токугава Иэясу, который, как и его предшественник, поначалу не испытывал к христианам негативных чувств. Его мнение изменилось после донесений о постоянных интригах сто стороны миссионеров, и он решил усилить запрет чуждой для Японии веры. Более того, до него дошли новости о постоянной связи миссионеров со своей родиной, и готовящейся попытке свержения сёгуната силой оружия при поддержке европейских держав. С этого момента все христианские церкви подлежали уничтожению, а миссионеры изгнаны
О гонениях на христиан сообщает Рейер Жизберц, говоря об их последствиях в Нагасаки: «во области Нангезака искоренено все то Христианство, какое Христиане Римляне в тех странах произвели. Число Христиан было прежде сего велико, и невозможно подлинно сказать сколько того было

. Понеже не очень нам известно, колько Христиан отверглося, а что могу, почти на угад, по правде сказать, что в 1626 годе, когда я был в Нангезаке, за подлинно держано было, что Христиан только было 40000 так мужеска, как женска и младенческого возраста, а ныне ни единого уже тамо не видно».
Несмотря на это, христиане тайно продолжали исповедовать свою религию, их число продолжало расти, а деятельность миссионеров стала скрытной. К 1637 году их число в Японии оценивалось в 600 тыс. чел. Дело дошло до открытого противостояния, которое решилось в ходе восстания в Симабара в 1637 году, итогом подавления которого стали массовые казни более чем 37 тыс. чел., имевших отношение к христианству.
После случившегося христианство полностью получило запрет на территории Японии, кроме этого был запрещён въезд в страну всем иностранцам. Наступил период политики самоизоляции Японии, который закончится только в XIX веке. После 80 лет успешного существования христианство на японских островах было уничтожено центральным правительством.
Японцы, у которых были физические и финансовые возможности, и которые желали остаться христианами, уходили в море, и многие из них пополнили в Макао приток иностранцев, однако, не попав, как масса индийцев, малайцев, некоторых бедных китайцев (особенно китаянок, девочек, которых бросали или продавали в самом юном возрасте) и африканцев, в категорию рабов