Согласно части 4 статьи 17 ФЗ «Об общих принципах организации законодательных (представительных) и исполнительных органов государственной власти субъектов РФ»

Можно ли сделать вывод о слишком широкой трактовке принципа единства исполнительной власти, несоразмерном вмешательстве в организационную самостоятельность субъектов Российской Федерации, в том числе в части права влиять на определение структуры исполнительных органов власти субъектов трактуется слишком широко? 
Нельзя.
Федеральные органы исполнительной власти и органы исполнительной власти субъектов РФ образуют единую систему исполнительной власти . Таким образом, принцип единства федеральной исполнительной власти означает прежде всего подчинение нижестоящего органа решениям вышестоящего. Вместе с тем Конституция РФ ограничивает пределы единства исполнительной власти федеральными полномочиями и предметами совместного ведения Российской Федерации и субъектов РФ. Из этого прежде всего следует, что органы исполнительной власти субъектов РФ, в компетенцию которых не входят функции и полномочия указанных двух групп, не являются элементом единой системы исполнительной власти