Руководящим органом таможенной службы является Федеральная таможенная служба России

В соответствии со следующими положениями нормативных правовых актов, назначение руководителя федеральной таможенной службы и его заместителей происходит таким образом:
1. Руководитель Федеральной таможенной службы назначается на должность и освобождается от должности Правительством Российской Федерации (ч. 1 ст. 18 ФЗ «О службе в таможенных органах Российской Федерации»).
А также заместители руководителя Федеральной таможенной службы назначаются на должность и освобождаются от должности, в силу ч . 2 ст. 18 ФЗ «О службе в таможенных органах Российской Федерации», Правительством Российской Федерации по представлению руководителя Федеральной таможенной службы.
2. В соответствии с п. 1.3 Регламента Федеральной таможенной службы, ФТС России возглавляет руководитель, назначаемый на должность и освобождаемый от должности Правительством Российской Федерации по представлению Министра финансов Российской Федерации.
3