Командование военно-морской флотилии отдало распоряжение захоронить в море вблизи побережья большое количество радиоактивных отходов с подводных атомных лодок с нарушением предусмотренных правил захоронения

В данном случае необходимо квалифицировать данные деяния по ч.2 ст. 252, так как эта норма является специальной по отношению к ст. 247 и подлежит применению по правилам квалификации ч.3 ст. 17 УК РФ
Непосредственным объектом рассматриваемого преступления являются общественные отношения, сложившиеся в области охраны морской природной среды
С объективной стороны данное преступление выражается в загрязнении морской среды в результате сброса в нее веществ и материалов, вредных для здоровья человека и водных биологических ресурсов, из различных источников, находящихся на суше, а также с транспортных средств или возведенных в море искусственных сооружений.
Субъект преступления — специальный: лицо, достигшее 16-летнего возраста, на которое возложена обязанность по соблюдению правил охраны морской среды.
Субъективная сторона в данном случае выражается в косвенном умысле.