На панели инструментов выбираем «Правовой навигатор» (рис

Да, организация должна удерживать НДФЛ при выплате аванса физическому лицу по гражданско-правовому договору на выполнение работ.
Согласно пункту 1 статьи 210 Налогового кодекса Российской Федерации (далее – Кодекс) при определении налоговой базы по налогу на доходы физических лиц учитываются все доходы налогоплательщика, полученные им как в денежной, так и в натуральной формах, или право на распоряжение которыми у него возникло, а также доходы в виде материальной выгоды, определяемой в соответствии со статьей 212 Кодекса.
Пунктом 1 статьи 226 Кодекса установлено, что российские организации, индивидуальные предприниматели, нотариусы, занимающиеся частной практикой, адвокаты, учредившие адвокатские кабинеты, а также обособленные подразделения иностранных организаций в Российской Федерации, от которых или в результате отношений с которыми налогоплательщик получил доходы, указанные в пункте 2 статьи 226 Кодекса, обязаны исчислить, удержать у налогоплательщика и уплатить сумму налога, исчисленную в соответствии со статьей 224 Кодекса, с учетом особенностей, предусмотренных статьей 226 Кодекса.
Указанные лица именуются в главе 23 «Налог на доходы физических лиц» Кодекса налоговыми агентами.
На основании пункта 4 статьи 226 Кодекса налоговые агенты обязаны удержать начисленную сумму налога непосредственно из доходов налогоплательщика при их фактической выплате.
В соответствии с подпунктом 1 пункта 1 статьи 223 Кодекса при получении доходов в денежной форме дата фактического получения дохода определяется как день выплаты дохода, в том числе перечисления дохода на счета налогоплательщика в банках либо по его поручению на счета третьих лиц.
Таким образом, суммы вознаграждений в пользу физического лица, полученные таким физическим лицом по гражданско-правовому договору, предметом которого является оказание услуг (в том числе в виде предоплаты), включаются в доход налогоплательщика данного налогового периода.