Компании Союз были доначислены налоги в связи с тем

В соответствии с пп.15 п.3 ст.346.12 НК РФ, не вправе применять УСН организации и ИП, средняя численность работников которых за налоговый (отчетный) период, определяемая в порядке, устанавливаемом федеральным органом исполнительной власти, уполномоченным в области статистики, превышает 100 человек.
Согласно п.75 Приказа Росстата от 27.11.2019 N 711 "Об утверждении Указаний по заполнению форм федерального статистического наблюдения N П-1 "Сведения о производстве и отгрузке товаров и услуг", средняя численность работников организации включает:
- среднесписочную численность работников;
- среднюю численность внешних совместителей;
- среднюю численность работников, выполнявших работы по договорам гражданско-правового характера.
При этом в среднюю численность работников, выполнявших работу по договорам гражданско-правового характера, не включаются ИП, заключившие с организацией договор гражданско-правового характера и получившие вознаграждение за выполненные работы и оказанные услуги, а также лица несписочного состава, не имеющие с организацией договоров гражданско-правового характера и лица, с которыми заключены авторские договоры на передачу имущественных прав.
Следовательно Суд подтвердит правомерность вынесенного ИФНС решения в том что Компания Союз не вправе принять УСН.