Чем объясняются чередования в словах окно – окон

Чередования в данных словах объясняются фонетической беглостью.
В системе гласных звуков русского языка в определенный момент времени исчезли Ъ и Ь и расширилась сфера употребления звуков о, е. После утраты слабых Ъ, Ь был нарушен закон открытого слога . Возникли закрытые слоги, нехарактерные для древнерусского языка старшего периода: по-съ-лъ – по-сол, ло-дъ-ка – лод-ка; вь-сь – весь. Общая тенденция к открытости слога (расположение звуков по степени возрастающей звучности) сохранилась, и не утратила значения в современном русском языке.
Из-за падения редуцированных в русском языке возникли новые чередования гласных звуков в пределах разных форм одного и того же слова – чередование о, е с нулем звука: сон – сна, рожь – ржи, ложь – лжи, кусок – куска, день – дня, пес – пса, пень – пня